在法律实践中，关于仲裁协议与管辖权异议的问题常常引发争议。特别是在涉及合同纠纷时，当事人可能会对法院或仲裁机构的管辖权提出异议。然而，当合同中存在有效的仲裁协议时，管辖权异议的提出时间就显得尤为重要。
首先，根据我国《仲裁法》的相关规定，如果合同双方事先约定了仲裁条款，那么一旦发生争议，任何一方不得向人民法院提起诉讼，而应将争议提交至仲裁委员会进行仲裁。因此，在这种情况下，当事人若想对管辖权提出异议，必须在法律允许的时间范围内完成。
具体而言，对于有仲裁协议的案件，管辖权异议应当在首次开庭前提出。这是为了确保仲裁程序能够顺利进行，并避免因管辖权问题导致不必要的延误。如果当事人未能在此期限内提出异议，则视为其默认接受仲裁机构的管辖。
此外，值得注意的是，即使合同中包含仲裁条款，某些特殊情况也可能影响管辖权的认定。例如，当仲裁协议无效、被撤销或者未生效时，当事人可以向法院申请确认仲裁协议的效力。在这种情形下，管辖权异议的时间限制可能需要结合具体情况来判断。
总之，在处理有仲裁协议的案件时，了解并遵守相关法律规定至关重要。无论是选择仲裁还是诉讼途径解决争议，都应尽早明确管辖权问题，以保障自身权益不受侵害。同时，建议当事人在遇到此类问题时咨询专业律师，以便获得更为准确和全面的指导。
